Europos ekologinio tinklo „Natūra 2000" teritorijoms Lietuvoje 2007 metų pradžioje pradėti derinti ir tvirtinti gamtotvarkos planai. Šie strateginio planavimo dokumentai skirti įvertinti ir apibūdinti saugomų teritorijų ar jų dalių ekologinę būklę, kraštovaizdžio apsaugos bei tvarkymo problemas ir galimybes, saugomas nykstančių gyvūnų, augalų ir grybų rūšis, jų buveines ir natūralias buveines, taip pat nustatyti tų teritorijų tvarkymo bei apsaugos priemones ir joms reikalingas lėšas.

   Gamtotvarkos planai artimiausiam dešimtmečiui numato konkrečias priemones, kuriomis saugomų rūšių ir natūralios buveinės turėtų būti atkurtos bei palaikoma palanki jų apsaugos būklė. Pagrindiniai reikalingi atlikti darbai jose - apaugusios sumedėjusios augalijos (medžių ir krūmų) kirtimas, šienavimas, nendrių pjovimas atvirų plotų pelkėse ir pievose; pažeisto hidrologinio režimo atstatymas; tipingos medžių rūšių ir amžiaus struktūros natūraliose buveinėse ir rūšių buveinėse formavimas gamtotvarkos plane numatytais kirtimais.

   Šiuo metu aplinkos ministro įsakymais jau patvirtinta daugiau kaip 20 gamtotvarkos planų, kuriuose už priemonių miškingose teritorijose vykdymą atsakingomis institucijomis paskirtos valstybinių parkų direkcijos ir valstybės įmonės miškų urėdijos.

   2007-2013 metų laikotarpiu miškų urėdijos turės galimybių pasinaudoti Europos Sąjungos finansine parama, teikdamos paraiškas miškuose esančių saugomų natūralių buveinių ar saugomų rūšių buveinių atkūrimo arba tipiškos struktūros palaikymo, gamtosauginių objektų aplinkos tvarkymo ir apsaugos, pažeisto hidrologinio režimo atkūrimo rezervatiniuose ir specialios paskirties ekosistemų apsaugos miškuose darbų finansavimui. Miškuose esančių saugomų natūralių buveinių ar rūšių buveinių atkūrimo ar tipiškos struktūros palaikymo darbai bus remiami, tik jeigu jie bus numatyti nustatyta tvarka parengtame ir patvirtintame gamtotvarkos plane.